В таком виде Як-200 поступил на государственные испытания.

Топливо размещалось в одном фюзеляжном баке объемом 755 л. В состав радиооборудования входили радиостанция РСИУ-ЗМ. автоматический радиокомпас АРК-5, радиовысотомер малых высот РВ-2, ответчик СРО-2, маркерный приемник МРП-48П и переговорное устройство СПУ-5.

Заводские испытания завершились в июле 1953-го и спустя три дня Як-200 передали в НИИ ВВС. Ведущими по машине на этапе государственных испытаний были летчик А.Ф.Митронин и инженер С.И.Блатов.

По общему мнению военных испытателей, компоновка приборной доски и пультов управления агрегатами Як-200 достаточно полно соответствовала рабочему месту летчика бомбардировщика Ил-28. а по летно-техническим данным - постановлению Совета Министров СССР, но рекомендовать машину а серийное производство нельзя.

Причин для столь сурового вывода было много. Например, самолет отличался сложной техникой пилотирования на взлете. После отрыва от ВПП резко изменялись усилия на штурвале от руля высоты, что приводило к взлетам с "подрывом". Большие усилия на штурвале от руля высоты при даче газа усложняли пилотирование, особенно при уходе на второй круг.

В случае отключения одного из моторов и при некоторых соотношениях углов скольжения и отклонения руля поворота нагрузка на педаль снижалась до нуля и она сама уходила вперед. Более того, по этой причине отмечались случаи срыва машины в штопор. Як-200 обладал недостаточной продольной устойчивостью, а на режиме полного газа не мог лететь с брошенным управлением. Вдобавок, отсутствовали устройства борьбы с обледенением воздушных винтов и лобовых стекол кабины.

Самолет вернули в ОКБ, где он подвергся доработке. На это ушло чуть больше трех месяцев. Из 91 дефекта, выявленного военными, устранили свыше половины, ко самых главных, и в начале января 1954-го Як-200 вновь передали в НИИ ВВС.

На фюзеляже машины установили гребень (форкиль), протянувшийся от 20-го шпангоута до вертикального оперения, и уменьшили до 23⁰ углы отклонения руля поворота. Перекомпоновав специальное оборудование и агрегаты воздушной системы, сместили вперед центр тяжести. Теперь его заднее положение не превышало 14,7% от средней аэродинамической хорды. Изменили углы установки двигателей.