Кипр находится на пересечении основных торговых путей и в зоне политических интересов многих государств. Это определило сложную и подчас трагическую судьбу киприотов и их Церкви. По свидетельству Деяний Апостольских, написанных евангелистом Лукой, ученики Христовы с самого начала оказались на Кипре (Деян. 8, 18). Во время первого миссионерского путешествия апостол Павел в 45 г. вместе с Варнавой, который был уроженцем Кипра, обошли с проповедью весь Кипр и обратили в новую веру римского правителя острова — проконсула Сергия Павла (Деян. 13). Таким образом, Кипр стал первой провинцией Римской империи, где у власти стоял правитель-христианин.

Апостол Варнава вместе со своим племянником Марком в 50 г. вернулся на Кипр. Во время его проповеди в Саламинской синагоге в 57 г. кипрские иудеи схватили и побили Варнаву камнями. Тело его было взято апостолом Марком и похоронено западнее Саламина.

Первым епископом на Кипре был ученик Господа Иисуса Христа Лазарь, брат Марфы и Марии, которого Господь воскресил из мертвых, рукоположенный во епископа своими соотечественниками-апостолами. Его мощи, погребенные в городе Ларнака, были обретены в 1973 г.

Полная христианизация населения острова относится к началу V в. Центром церковной жизни острова со времен св. Константина Великого был Саламин (Констанция). Уже в начальный период своей истории Церковь прославилась выдающимися архипастырями и богословами. Достаточно вспомнить святого Спиридона Тримифунтского (IV в.), святителя Епифания Кипрского (IV в.), деятельно боровшегося с ересями своего времени, и святителя Григория (VIII в.), противостоявшего иконоборческой ереси. Уже в I Вселенском соборе участвовали три кипрских епископа: Кирилл Пафский, Геласий Саламинский и Спиридон Тримифунтский. А в деяниях собора, бывшего в Сердике (343), значатся подписи 12 епископов с о. Кипр. Около 400 г. епископов было уже 15. Кипрские епископы активно участвовали в деяниях II, III и последующих Вселенских соборов. Особенно деятельное участие проявила Кипрская Церковь в защите иконопочитания во время иконоборческой ереси. В церковном отношении Кипрская Церковь подчинялась Антиохийскому Патриарху, несмотря на древность своего происхождения.

Принимая активное участие в деяних Вселенских соборов, архипастыри Кипрской Церкви занимались и просветительной работой у себя на острове. Стремясь обратить в христианство язычников, они были вынуждены одновременно вести и борьбу с возникшим во II столетии гностицизмом. Преследуемые римскими правителями гностики вместе с христианами бежали на Кипр, где нашли, главным образом среди язычников, благоприятную почву для утверждения своих идей. Против этих лжеучителей выступил Саламинский епископ святой Епифаний, оставивший после себя много назидательных сочинений. В VI–VII в.в. кипрские иерархи писали, главным образом, агиографические труды.

В 431 г. на III Вселенском соборе архиепископ Кипрский Регин обратился к отцам собора с просьбой о предоставлении его Церкви автокефалии, которая и была дарована ей 8-м правилом указанного Вселенского собора. Несмотря на неоднократные попытки Антиохии подчинить себе Кипрскую Церковь, она продолжала оставаться независимой благодаря прежде всего позиции Константинопольских Патриархов. В V в. Кипрскую Церковь настойчиво стремился подчинить себе Антиохийский Патриарх Петр Кнафей (сторонник монофизитской ереси), что понудило Архиепископа Кипрского Анфима отправиться в Константинопль искать защиты. По указанию византийского императора Зенона (474–475; 477–491) Константинопольский Патриарх Акакий созвал Священный Синод, который подтвердил определение III Вселенского собора об автокефалии Кипрской Церкви. Окончательно автокефалия Кипрской Церкви была утверждена 39 правилом Пято-Шестого Трулльского (Константинопольского) собора (691). В 1598 г. Антиохийский Патриарх Иоаким еще раз попытался подчинить Кипрскую Церковь, но безуспешно. Решительным защитником автокефалии Кипрской Церкви выступил в то время Александрийский Патриарх Мелетий Пигас.

Во время арабского нашествия Кипрская Церковь вместе со своим народом подверглась бедствиям и гонениям. В 691 г. по указу императора Юстиниана II большинство греческого населения во главе с архиепископом Кипрским Иоанном было переселено в область Геллеспонт, недалеко от Константинополя. Здесь был основан город Новая Юстиниана, который был передан в управление Кипрскому предстоятелю с сохранением за ним прав главы автокефальной Церкви. С тех пор, несмотря на возвращение киприотов в 747 г. на остров, архиепископы сохранили за собой этот титул.

Резиденция Архиепископа в VIII в. была перенесена в Аммохост (Арсиной, ныне Фамагуста). В начале XIII в. (1215) кафедра волей латинян была перенесена в Левкосию.

В так называемый византийский период истории Кипрской Православной Церкви (до 1191 г.) на острове развивалась и монашеская жизнь. Это развитие шло по двум направлениям — отшельническое монашество и общежительное. Св. равноапостольная царица Елена основала на острове Ставровунийский (Крестовоздвиженский) монастырь. В это же время был основан и монастырь святителя Николая. В конце V в. был основан монастырь св. апостола Варнавы. Некоторые из основанных в тот период монастырей существуют по сей день.

Византийское господство на Кипре сохранялось до 1191 г., пока в результате третьего Крестового похода остров не был захвачен английским королем Ричардом Львиное Сердце. Этим было положено начало латинскому господству на Кипре, сопровождавшемуся униженным положением православных и попытками их обращения в католичество. Вначале остров был продан королем Ричардом католическому духовно-рыцарскому ордену тамплиеров, которые заставляли греков принимать латинство. В том же году против тамплиеров вспыхнуло восстание, после которого тамплиеры покинули остров. Ричард в 1193 г. продал остров королю Иерусалима Гюи Лузиньяну. В 1489 г. Кипр перешел во владение Венеции на положении колонии.

Еще в 1220 г. на Кипре была утверждена католическая иерархия, состоявшая из архиепископа (кафедра в Левкозии) и трех епископов, а в 1260 г. папа Александр IV издал буллу, которая определила дальнейшее положение православных на все время латинского господства на острове. Число православных епископий было сокращено с четырнадцати до четырех, соответственно латинским; должность православного архиепископа была упразднена; греческие епископы могли жить только в установленных католиками местах. После хиротонии православные епископы должны были давать присягу верности и подчинения папе как главе Церкви. Церковное имущество было отнято католиками, а православные епископы платили налог латинскому архиепископу.

В 1571 г. Кипр был захвачен турками, и Церковь оказалась в том же положении, что и остальные Церкви в османской империи. Множество клириков и православной паствы было уничтожено или уведено в плен, храмы превращены в мечети, имущество монастырей расхищено. Тем не менее, благодаря мудрой церковной политике своих архипастырей, Кипрская Церковь со временем добилась получения от Высокой Порты таких же привилегий, как и Вселенский Патриархат. Со второй половины XVII в. архиепископ был провозглашен «милет-баши» и получил политическую власть этнарха над всем православным населением Кипра. С этого времени архиепископы по сути дела стали светскими правителями острова. Несмотря на гарантии прав православного населения, турки неоднократно притесняли и уничтожали христиан.

Во время турецкого господства на острове сформировалось внешнее устройство Кипрской Церкви во главе с архиепископом, которому были подчинены три епархиальных архиерея — Пафский, Китийский и Киренийский, носящие с начала XVII в. титулы митрополитов. При архиепископе был организован Синод, в состав которого вошли митрополиты и архимандриты.

Начало XIX в. ознаменовалось особым стремлением греков к завоеванию свободы. И когда в 1821 г. в Морее и других местах Греции вспыхнуло антитурецкое восстание, кипрские единоплеменники отнеслись к этому с большим сочувствием. После мученической кончины Константинопольского Патриарха Григория V на Кипре архимандритом Фемистоклом Фисевсом были распространены прокламации. Когда об этом стало известно турецкому губернатору, он обрушил на киприотов жесточайшие преследования. Все три митрополита были обезглавлены, а Архиепископ Киприак повешен. Были повешены также игумены монастырей, священники, преданы смертной казни церковные должностные лица, народные старейшины и знатные люди.

В том же году Антиохийский Патриарх Серафим смог послать на остров своих архипастырей, которые восстановили иерархию Кипрской Церкви, хиротонисав для нее архиепископа и трех митрополитов.

В период владычества турок на острове Константинопольская Церковь особенно часто вникала в дела Кипрской Церкви. Патриархи вмешивались в избрание архиепископа и епархиальных архиереев, в дела их управления приходами, во внутреннюю жизнь монастырей. Современные греческие историки утверждают, что это вмешательство объясняется теми тяжелыми условиями, в которых находилась тогда Кипрская Церковь и что Константинопольский Патриархат не ставил своей целью нарушить ее автокефалию путем подчинения себе.

В 1878 г. на Кипре утвердился протекторат Англии. Весть о переходе острова под управление Англии — христианской державы — была с радостью встречена православными киприотами. Они надеялись на то, что Британия будут содействовать объединению острова с Грецией. Но англичане стали проводить на острове свою обычную колонизаторскую политику. Освобождение от исламских притеснений сменилось протестантской пропагандой и колонизаторской политикой и не принесло облегчения кипрским христианам. А так как сохранение национального самосознания у киприотов связывалось с деятельностью Православной Церкви, то ликвидация ее стала одной из важнейших задач колонизаторов.

Под покровительством англичан на Кипре развернулась активная протестантская пропаганда. Архиепископ Софроний и иерархи выступили в защиту прав Кипрской Церкви. Но после кончины Архиепископа Софрония (+1900) англичане взяли курс на лишение Кипрской Церкви предстоятеля или на поставление угодного колонизаторам архиепископа. На острове образовались две партии, каждая из которых выставляла своего кандидата на вакантную архиепископскую кафедру. Только в 1909 г. православным удалось избрать нового архиепископа Кирилла II (до 1916 г.), много потрудившегося в деле внутренней организации Кипрской Церкви и распространения среди своих соотечественников духовного просвещения. При нем в 1914 г. был принят Устав Кипрской Православной Церкви, который действует поныне.

В 1914 г. Великобритания аннексировала Кипр, а в марте 1925 г. объявила его своей колонией, во главе которой был поставлен английский губернатор. Все это привело к тому, что в 1931 г. против англичан вспыхнуло восстание, во главе которого стояли представители духовенства и епископата. Восстание было подавлено, а два из трех кипрских митрополитов — Никодим и Макарий — были отправлены в ссылку.

С 1933 по 1947 г. английские власти вновь препятствовали избранию нового предстоятеля Церкви и хиротонии новых архиереев на вдовствующие кафедры. В 1933 г. скончался преемник архиепископа Кирилла П архиепископ Кирилл Ш. На острове остался единственный митрополит — Леонтий Пафский. Но православные киприоты продолжили борьбу за политическую независимость и церковную свободу. В 1946 г. был возвращен из ссылки митрополит Киренийский Макарий, а в июле 1946 г. архиепископом стал бывший митрополит Пафский Леонтий. Через 37 дней после восшествия на престол он скончался, и его преемником в конце 1947 г. был поставлен митрополит Макарий П. Одновременно были хиротонисаны митрополиты на все исторически сложившиеся епархии. Так после четырнадцатилетнего перерыва Кипрская Православная Церковь вновь получила полную каноническую иерархию.

Архиепископ Макарий II создал в 1948 г. Совет Этнархии, который возглавил политическую борьбу за независимость Кипра. В 1950 г. на Кипре был проведен всенародный референдум, на котором 90 % населения Кипра проголосовало о предоставлении Кипру политической независимости.

В 1950 г. архиепископ Макарий II скончался. Архиепископом был избран бывший митрополит Китийский Макариос III. Возглавив Кипрскую Церковь, он развернул широкую деятельность за получение свободы Кипром. Архиепископ неоднократно обращался к правительству Великобритании и в ООН с требованиями предоставления Кипру полной независимости, посетил целый ряд стран, стремился объединить и внутренние силы в борьбе против колонизаторов. Но Британское правительство упорно отказывалось признать за киприотами право на самоопределение.

Как предстоятель Кипрской Церкви, архиепископ Макариос много сделал для улучшения ее жизни и возвышения ее престижа: поднял духовное просвещение, улучшил быт духовенства, проявил заботу о благотворительных учреждениях.

В 1955 г. на Кипре вновь вспыхивает восстание против англичан, после чего архиепископ Макариос был выслан из страны. Британское правительство продолжало вести борьбу с оставшимися на острове иерархами. Находясь в изгнании, архиепископ Макариос вел борьбу за свободу своей родины. В феврале 1959 г. в Лондоне были подписаны соглашения, на основе которых позднее острову была предоставлена самостоятельность. В марте того же года архиепископ Макариос и митрополит Киприан уже смогли вернуться на Кипр.

В 1959 г. архиепископ Макариос был избран Президентом Кипра, а сам остров в 1960 г. был провозглашен по согласованию с Великобританией независимой республикой (но Англия сохранила за собой часть Кипра под свои военные базы). Таким образом в лице архиепископа Макариоса соединилась церковная и светская власть, что соответствовало давним традициям истории киприотов.

Однако с самого начала на Кипре извне был спровоцирован конфликт между греческой и турецкой общинами. В 1963 г. на остров были введены войска ООН. После этого неоднократно предпринимались попытки отстранить последовательного сторонника независимости Кипра архиепископа Макариоса от власти. Эти попытки неоднократно предпринимались как политической оппозицией, так и оппозицией церковной, которая настаивала на несовместимости поста главы Церкви и главы государства. Однако кипрская общественность и парламент решительно отвергли это требование.

В 1974 г. в результате мятежа, поднятого греческими офицерами против законного президента архиепископа Макариоса, на Кипр были высажены турецкие войска. Кипр был разделен «зеленой линией», являвшейся границей между турецкой и греческой общинами. С 1983 г. существует Турецкая республика Северного Кипра, занимающая 37 % территории страны. Тут установили строгий оккупационный режим. На этих землях осталось множество храмов и православных святынь, которые были кощунственно поруганы и теперь планомерно уничтожаются турецкой общиной. Это создало серьезные проблемы в жизни православных киприотов.

3 августа 1977 г. архиепископ Макариос скоропостижно скончался. Пост главы государства занял Спирос Киприану. Архиепископом Кипрской Церкви стал митрополит Пафский Хризостом, бывший еще при жизни архиепископа Макариоса его ближайшим сослужителем.

Из 700.000 населения острова Кипр 80 % составляют греки, 18 % турки. В Церкви насчитывается около 450 тыс. верующих. Всего в Церкви существует около 600 приходов и более 600 священнослужителей. В Церкви существует 5 митрополий, имеющих викарных епископов: Кипрская архиепископия (кафедра Никосия, правящий архиерей — предстоятель Церкви), Пафская митрополия (Пафос), Китийская митрополия (Ларнака), Лимасольская митрополия (Лимасол), Морфская митрополия (Морфу). Всего архиереев в Церкви 8 человек. В каждой епархии действуют Епископские суды.

Предстоятель Церкви носит титул: Архиепископ Новой Юстинианы и всего Кипра. Резиденцией предстоятеля Церкви является столица Кипра Никосия.

Архиепископ Хризостом родился 28 сентября 1927 г. в деревне Статос близ Пафоса. В 1950 г. окончил гимназию. 18 февраля 1951 г. Кипрским архиепископом Макариосом III был рукоположен в сан иеродиакона при Киккском монастыре. В 1952 г. был послан Киккским монастырем на учебу в Афинский университет, который закончил в 1961 г. Обучался на философском и богословском факультетах.

29 октября 1961 г. был рукоположен в сан иеромонаха и возведен в архимандриты. С 1961 по 1966 г.г. преподавал в Киккской гимназии и Духовной семинарии во имя св. апостола Варнавы философию и историю религий. В 1966 г. был послан на учебу и стажировку в Англию.

В 1968 г. был хиротонисан в хорепископа (викарного епископа) Константского, а 28 июля 1973 г. в митрополита Пафского — второго по положению иерарха Кипрской Церкви.

12 ноября 1977 г. был избран предстоятелем Кипрской Церкви. Интронизация состоялась на следующий день. Во время посещения летом 1978 г. Русской Православной Церкви архиепископу Хризостому был вручен диплом почетного члена Ленинградской Духовной Академии.

Заботами Блаженнейшего Хризостома построено большое количество новых храмов. Ряд древних храмов и монастырей восстановлен — монастыри св. мученицы Феклы, св. великомученика Пантелеймона, и другие. Для пополнения монастырей были привезены с Афона молодые иноки-священнослужители. Трудами предстоятеля были открыты многие воскресные школы и начали действовать такие православные организации, как христианские кипрские детские лагеря, Христианский союз молодежи и студентов, Христианский союз женщин, Христианский союз ученых, Корпус душепопечительства о заключенных, теле-радио станция «Логос», церковные книжные магазины. Блаженнейший Хризостом является автором церковно-исторических и богословских сочинений, среди которых «Православие сегодня и Кипрская Церковь», «Миссионерство клира», «Спасительное служение Церкви».

Во главе управления Церковью находится Священный Синод, в состав которого входят все митрополиты Кипра под председательством архиепископа. Собирается Синод раз в году в Великую Четыредесятницу регулярно, и чрезвычайно по мере необходимости.

Кроме первого епископа Кипра святого четверодневного Лазаря и апостола Варнавы, Кипрская Церковь особо чтит Аристовула, брата св. апостола Варнавы, одного из 70 апостолов; Епафраса, первого епископа г. Пафа, апостола из 70; Тита, ученика св. ап. Павла, родившегося в Пафе и там мученически скончавшегося; Никанора, одного из семи диаконов, родом с о. Кипр; Сергия Павла, римского проконсула на острове, обращенного св. ап. Павлом; Спиридона, епископа Тримифунтского, исповедника, участника I Вселенского собора; Епифания Кипрского, церковного писателя и защитника Православия (+403); Неофита Затворника, игумена одного из кипрских монастырей, церковного писателя (конец XII в.), и других.

Из монастырей, которых на острове 11, необходимо отметить монастырь Ставровуни — Святого Креста (IV в.) и монастырь Кикко в честь Рождества Пресвятой Богородицы, основанный в XI в. при византийском императоре Алексее Комнине, из которого выходит основное число выдающихся кипрских иерархов. В монастыре Кикко погребен архиепископ Макарий. Здесь же находится чтимая Киккская икона Божией Матери, написанная св. апостолом Лукой. Долгое время эта икона хранилась в Египте, куда была послана апостолом Лукой во владение назореям — христианам, которые были обращены апостолом Марком и жили по его заветам. В 980 г., когда на христиан в этой местности начались гонения, икона была вывезена в Константинополь, а позже перевезена на Кипр. При монастыре существует небольшой музей старинных церковных предметов.

В монастыре Ставровуни хранится частица Животворящего Креста Господня, принесенная некогда св. равноапостольной царицей Еленой. Во время своего посещения Святой Земли императрица останавливалась на Кипре. Обитель живет по афонскому уставу. Подворьем монастыря Ставровуни является монастырь св. Варвары. Он основан русской монахиней, прибывшей на Кипр в XIII ст. Вначале это был женский монастырь, в настоящее время мужской. Известен тем, что насельники его занимаются по преимуществу иконописанием.

Махерский монастырь в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы основан в начале XIII в. по велению Самой Божией Матери иноками из Палестины. Монастырь св. апостола Варнавы построен византийским императором Зеноном (V в.) на месте погребения апостола; возрожден в 1917 г. После событий 1974 г. монастырь оказался на территории, занятой турками, и превращен ими в музей. Монастырь св. Неофита основан в XII в. св. Неофитом, мощи которого здесь хранятся.

В горах Троодоса в монастыре пребывает еще один чудотворный образ Пресвятой Богородицы — Троодитисса, по преданию, написанный св. ап. Лукой. Этот монастырь возник еще во времена иконоборчества в VIII в. как пещера для иноческих подвигов, впоследствии стал одним из центров монашества. Монастырь Пресвятой Богородицы Хрисорройятиссы существует с 1152 г.

Из женских монастырей необходимо отметить монастырь св. Ираклидия (Гераклидия). Основан в IV в., вначале был мужским. Образцом женских монастырей Кипрской Православной Церкви является находящийся под покровительством главы Церкви монастырь св. Георгия Аламаноса. История монастыря восходит ко временам крестоносцев, в поздние времена он был заброшен и лишь в конце 40-х г.г. XX в. возрожден. Существует древний женский монастырь св. муч. Мины. На протяжении многовековой истории он неоднократно разрушался, восстановлен в начале 60-х г.г. XX в. Женские монастыри более населенные, чем мужские.

Все монастыри на Кипре общежительные. Игумены избираются братией монастыря.

Церковь располагает богатейшим музеем Византийской культуры, где представлены иконы и предметы церковной утвари. В Никозии имеется основанная еще в 1821 г. Архиепископская библиотека, насчитывающая более 50 тыс. книг.

С 1949 г. существует духовная семинария, носящая имя апостола Варнавы, с шестилетним сроком обучения. Эта семинария действует при подворье Киккского монастыря в Левкосии. Высшее богословское образование студенты с Кипра получают за рубежом, главным образом на богословских факультетах университетов Греции. Официальным органом Церкви является ежемесячный журнал «Апостол Варнава», а также газета «Церковная жизнь».

Существует Бюро религиозного просвещения при Архиепископии, которое заведует всеми греческими школами острова, где преподавание православных дисциплин с 1945 г. является обязательным.