Второй сын Иоанна-IV Федор отличался болезненностью и слабыми умственными способностями, почему правление государством вскоре перешло в руки шурина царя — умного и дальновидного боярина Бориса Годунова. Удалив опалой и ссылкой всех своих противников, Годунов окружил себя преданными людьми и сделался полновластным правителем государства. Он поддерживает сношения с западными государствами, строит города и укрепления на границах Руси и устроил на белом море архангельскую гавань. По его же мысли утверждено самостоятельное всероссийское патриаршество и окончательно прикреплены к земле крестьяне. В 1591 году был убит царевич Дмитрий, брат бездетного царя Федора и его наследник, а спустя шесть лет скончался и сам Федор.

После отречения от престола царицы Ирины, супруги царя Федора и сестры Годунова, приверженцами Бориса, по настоянию патриарха Иова, был созван земский собор, который и выбрал Бориса Годунова. Подозрительность царя и опасения козней со стороны бояр вызвала опалы и ссылки, причем боярин Федор Никитич Романов подстрижен был под именем инока Филарета, а малолетний сын его Михаил сослан на Белоозеро. Бояре озлобились против Бориса, а народные бедствия, обрушившиеся на московское царство — трехлетний неурожай и мор — побуждали народ винить во всем царя Бориса. Царь старался помочь голодающим, добавлял заработки на казенных постройках (колокольня Ивана Великого), раздавал милостыню, но народ все роптал, охотно веря слухам о появлении законного царя Дмитрия. Среди приготовления к борьбе с Лжедмитрием, Годунов скоропостижно скончался, завещав свой престол сыну своему Федору.

Григорий Отрепьев, как говорят, беглый монах, поддерживаемый поляками, объявил себя царевичем Дмитрием, который будто бы спасся от убийц в Угличе. С несколькими тысячами человек вступил он в Россию. Высланное на встречу войско перешло на сторону Лжедмитрия, который и был признан ими царем, причем Федор Годунов был убит. Лжедмитрий был человек очень развитой, отличался умом и добродушием, усердно занимался государственными делами, но возбудил к себе неудовольствие народа и духовенства неуважением к старым русским обычаям. Бояре, распустив слух о самозванце царе, во главе с Василием Шуйским составили заговор и убили Лжедмитрия.

Старый, нерешительный и неискусный Василий Шуйский был избран в цари боярами и горожанами, причем власть его была ограничена. Благодаря возникшим слухам о спасении убитого Лжедмитрия, в России начались новые смуты, которые усилились мятяжем холопа Ивана Болотникова и появлением в Тушине Лжедмитрия-II, «тушинского вора». Польский король шел войной на Москву, и его полководцы рассеяли русские войска. Тогда царь Василий был «сведен» с престола и насильно пострижен в монахи. В России наступило смутное время междуцарствия.

Благодаря разосланным Троицкой лаврой грамотам, призывавшим к защите отечества и православия, большое ополчение под предводительством князя Дмитрия Пожарского, при деятельном участии нижнегородского земского старосты Козьмы Минина Сухорукого, направилось к Москве и, после долгих усилий, освободило столицу от поляков и мятежников. Великой земской думой 21 февраля 1613 года в цари был избран Михаил Федорович Романов, после долгих упрашиваний он вступил на престол и принялся за усмирение внутренних и внешних врагов. Михаил заключил столбовский договор со Швецией, деулинский договор (1618 г.) — с Польшей. По этому последнему договору после долгого плена возвращен в Россию Филарет, родитель царя и немедленно был возведен в сан патриарха. Филарет стал соправителем и надежным советником сына. Под конец царствования Михаила Федоровича Россия уже значительно оправилась от ужасов смутного времени и начала вступать в дружественные сношения с западными государствами.

Царь Алексей Михайлович был одним из лучших людей древней Руси. Он не только исполнял посты и церковные обряды, но обладал и церковным чувством. Характера он был мягкого и «гораздо тихого», обидев кого в коротком гневе, он долго потом не мог успокоиться и искал примирения. Ближайшими советниками царя в первые годы были его дядька Б. И. Морозов, в 50-х годах патриарх Никон, в конце боярин А. С. Матвеев. Непосильные для народа налоги, несправедливость приказных людей, отголоски старой смуты, вызывали ряд народных бунтов в разных городах (Москва, Сольвычегодск, Устюг, Новгород, Псков, бунт Разина, Брюховецкого и др.) И в разное время. Добровольное присоединение Малороссии к московскому государству вызвало две войны России с Польшей. Эти тяжелые удары удалось вынести России только благодаря сосредоточенности власти, единству, правильности и непрерывности в распоряжениях. Из внутренних распоряжений при Александре Михайловиче более значительны: Соборное уложение 1649 года и как дополнение его новоторговый устав и новоуказные статьи о разбойных и убийственных делах и о поместьях. Основаны новые центральные учреждения: Приказы тайных дел, хлебный, рейтарский, счетных дел, малороссийский, монастырский. Тяглые классы окончательно прикреплены к месту жительства. В церкви патриархом Никоном была предпринята необходимая реформа — исправление богослужебных книг, что вызвало однако раскол, т. е. отпадение от русской церкви. Прославились русские колонизаторы в Сибири: А. Булыгин, О. Степанов, Е. Хабаров, и другие. Появились новые города: Нерчинск, Иркутск, Селенгинск. Лучшие люди в Москве уже тогда создавали нужду в науке и преобразованиях. Таковы особы как бояре: А. Л. Ордын-Нащекин, А. С. Матвеев, князь В. Голицин. По смерти царя Алексея, от первого брака его с Марией Милаславской остались дети, два сына: Федор и Иоанн и несколько дочерей, от вторичного брака на Наталье Нарышкиной родился в 1672 году сын Петр.

Большая часть этого периода занята «смутой в московском государстве». Толчком и предлогом послужило прекращение династии, настоящей причиной послужили эгоизм и несправедливость бояр, невежество народа, отвыкшего за время татарского ига уважать честь и имущество ближнего, казаки и прочие «гулящие» люди, наконец, поляки. Спасли Русь крепкие национальные и религиозные связи, но прогнав поляков, русские не совсем прекратили смуту, ее отзвуки можно видеть и в бунтах времени Алексея Михайловича. Верховная власть XVI–XVII века настолько окрепла, что не нуждается в защите. Укрепляются и развиваются права служилого сословия, оно взяло в свои руки огромное количество земель. Крестьяне прикрепляются к земле в экономических интересах. Представитель русской церкви, соответственно новому порядку, получает титул патриарха. Правительство и патриарх заняты исправлением богослужебных книг, в которые вкралось много ошибок по невежеству и неграмотности переписчиков и иногда переводчиков. Это исправление закончено при патриархе Никоне. Многие не признали исправления и отпали от православной церкви.