Принятый еще отцом своим в соправители, Иоанн-III Васильевич вступил на великокняжеский престол полным владельцем Руси. Он сперва сурово наказал новгородцев, затеявших перейти в подданство Литвы, а в 1478 году «за новую проступку» он окончательно покорил их. Новгородцы лишились при этом вече и самоуправления, а новгородская посадница Мария и вечевой колокол были отправлены в стан Иоанна. В 1485 году, после окончательного покорения других, более или менее зависимых от московского княжества уделов, Иоанн наконец присоединил к Москве и тверское княжество. К этому времени татары разделились на три независимые орды: Золотую, Казанскую и Крымскую. Они враждовали друг с другом и уже не были страшны русским. Обезопасив себя со стороны казанских татар и вступив в союз с крымским ханом Менгли-Гиреем, Иоанн-III в 1480 году разорвал ханскую басму, приказал послов ханских отвести на казнь, а потом без кровопролития свергнул с себя татарское иго. Победителем вышел Иоанн также и в борьбе с Литвою, Александр литовский уступил Иоанну северную область. Овдовев еще в 1467 году, Иоанн-III вступил в супружество с Софией Палеолог, последней византийской царевной и соединил герб московского княжества, изображавшим Георгия Победоносца, с двуглавым орлом византийской империи. С этих пор Иоанн окружает себя блеском и роскошью, вступает в сношение с западной Европой, в отношении к боярам проявляет уже больше самостоятельности. Он много заботился о внешнем украшении столицы, воздвигнул в Москве соборы: Успенский, Архангельский, Благовещенский, выстроил каменный дворец, Гранавитую палату и несколько башен московского кремля. В 1497 году Иоанн издал сборник законов под названием «Судебник». Со времени Иоанна-III право чеканки монет принадлежит только великому князю московскому.

Сын Иоанна-III от брака с Софьей Палеолог Василий-III отличался гордостью и неприступностью, наказывал подвластных ему потомков удельных князей и бояр, дерзавших ему прекословить. Он «последний собиратель русской земли». Присоединив последние уделы (Псков, северное княжество), он совершенно уничтожил удельную систему. Он дважды воевал с Литвой, по научению поступившего к нему на службу литовского вельможи Михаила Глинского, и, наконец, в 1514 году, отобрал у литовцев Смоленск. Война с Казанью и Крымом были трудные для Василия, но окончились наказанием Казани: Торговля была отвлечена оттуда на макарьевскую ярмарку, перенесенную впоследствии в Нижний. Василий развелся со своей супругой Соломонией и женился на княжне Елене Глинской, чем больше возбудил против себя недовольных им бояр. От этого брака у Василия родился сын Иоанн.

Назначенная Василием-III правительницей государства, мать трехлетнего Иоанна Елена Глинская сразу приняла крутые меры против недовольных ею бояр. Она заключила мир с Литвою и решила воевать с крымскими татарами, дерзко нападавшими на русские владения, но среди приготовления к отчаянной борьбе скоропостижно скончалась.

Оставленный в 8 лет на руках бояр, умный и талантливый Иоанн Васильевич вырос среди борьбы партий из-за правления государством, среди насилий, тайных убийств и беспрестанных ссылок. Сам нередко терпя притеснения от бояр, он научился их ненавидеть, а окружавшая его жестокость, буйство и грубость содействовали очерствлению его сердца. В 1547 году Иоанн венчался на царство и первым из русских государей принял титул «царя московского и всея Руси». Женитьба Иоанна на Анастасии Романовой, благодаря прекрасным душевным качествам последней, оказала на него благотворное влияние. В то же время волнения и бедствия, начавшиеся в столице и страшные пожары сильно подействовали на впечатлительного Иоанна. Он приблизил к себе честных и добрых советников Сильвестра и Адашева и занялся внутренними делами. Царь созвал выборных в 1550 году на первый земский собор, которым утвержден первый царский судебник, в следующем году издано соборное постановление для духовенства, названное Стоглавым. В 1552 году Иоанном покорена Казань, господствовавшая над всем Поволжьем, а в 1556 году присоединено к московскому государству и царство астраханское. Желание утвердиться на берегах балтийского моря заставило Иоанна начать ливонскую войну, которая привела его к столкновению с Польшей и Швецией. Война началась довольно удачно, но закончилась самым невыгодным для Иоанна перемирием с Польшей и Швецией: Иоанн не только не утвердился на берегах Балтики, но и потерял прибрежье финского залива, по удалении впавших в немилость Сильвестра и Адашева и со смертью кроткой царицы Анастасии, в характере Иоанна произошла значительная перемена к худшему, бегство же князя Андрея Курбского в Польшу возбудило подозрение Иоанна в верности всех его бояр. Началась печальная эпоха «розысков», опалы и казней. Иоанн покинул Москву, выехал со своими приближенными в Александровскую слободу и здесь окружил себя опричниками, которых Иоанн противопоставил остальной земле, земщине. Опричники сильно злоупотребляли своими обширными правами. В это время погиб святой митрополит Филипп, обличавший царя в беззаконии. В 1570 году Иоанн разгромил Новгород, на который донесли, будто бы он вошел в тайные соглашения с Польшей. В 1582 году донскими казаками под начальством Ермака покорено было московскому государству обширное сибирское царство. За три года перед кончиной, Иоанн в припадке гнева ударил своего сына Иоанна жезлом по голове и сын от этого удара скончался. Иоанн-IV получил в народе прозвание Грозного.

«Собирание» Руси становится уже сознательной и настойчивой задачей московских князей. Падают последние уделы.

Государственные границы совпадают с этнографическими границами великорусской народности. Политика из местной, московской, превращается в национальную великорусскую. Сообразно с этим возрастает и значение князя. Он принимает титул государя, а вскоре и царя всея Руси и самодержавца. Старший сын получает все преимущества перед младшими. Возникшая между царем и боярами борьба (ее причины особенно резко выясняются в переписке царя Ивана грозного с боярином Андреем Курбским) оканчивается в пользу царя. Наследственная знать — бояре оттесняются выслужившимися людьми — дворянами. В половине XVI века было положено начало книгопечатания на Руси. Первой книгой была напечатана «деяния и послания апостольские» (1564). По свержении татарского ига, мы снова становимся лицом к лицу с западной Европой. Ее влияние проникает к нам и через юго-западную Русь, втянувшуюся уже в польскую образованность (культуру), особенно после люблинской унии 1569 года. В XVI веке и русская церковь освобождается от подчинения греческой церкви. Митрополиты поставляются на Руси местными епископами по указанию великих князей. Духовенство и церковь действуют по-прежнему согласно с князьями. Большую поддержку последним оказывают Троицко-Сергиевская лавра и Иосифо-Волоколамский монастырь. Таким образом загорается заря новой жизни. Начинается развитие просветительного влияния, хотя внутренние неурядицы, как наследие, перешедшее от удельных князей к образовавшемуся высшему сословию боярам, мешают правильному развитию и государственной и народной жизни. Кончились междоусобицы князей — начались междоусобицы (споры, местничество, зависть) бояр.